На 22 март 1518 г. крал Карлос одобрява плана на Магелан за околосветско плаване и му предоставя сериозна субсидия. С парите, получени от краля, той купуват пет кораба - „Тринидад”, „Сан Антонио”, „Консепсион”, „Виктория” и „Сантяго” - общо 265 човека. В първото по рода си околосветско плаване се отправя интернационален екипаж: освен португалци и испанци, в неговия състав влизат представители на още 10 националности.

На 10 август 1519 г. флотилията от пет кораба под командването на Магелан напуска Севиля и отплава на юг по река Гуадалкивир до Санлукар де Барамеда в устието й, където остава повече от пет седмици. Испанските власти са подозрителни към португалския адмирал и едва не го спират, но на 20 септември Магелан все пак потегля.

Повече от четири месеца оредялата вече флотилията от три кораба плава първо на север покрай западния бряг на днешно Чили, стараейки се по-бързо да напусне студените високи ширини. Три месеца и двадесет дни по време на прехода през океана екипажът е лишен от свежа храна и прясна вода и болшинството от моряците заболяват от скорбут, като 19 човека умират.

На 13 февруари 1521 г. експедицията пресича Екватора, а на 6 март открива Марианските острови, в т.ч. островите Гуам и Рота,където екипажът попълва запасите от вода и хранителни припаси и продължава на запад. Пътуването на Магелан води към Лимасава, Себу, Мактан, Палаван, Бруней, Селебес и накрая към Островите на подправките

На 15 март 1521 г. преминавайки още 2000 км испанците виждат високите върхове на остров Самар от Филипинските острови. Корабите се придвижва още малко на юг към остров Сиаргао, разположен до южния край на Самар. Поради предпазливост на 17 март Магелан заповядва да се предвижат до малкия остров Хомонхон, където флотилията хвърля котва. Жителите на съседните острови доставят на екипажа плодове, кокосови орехи и палмово вино.

След една седмица флотилита се предвижва на югозапад и се установява край остров Лимасава. Към „Тринидад” се насочва лодка с местни жители и когато малаецът Енрике, роб на Магелан, ги заговаря на родния си език те го разбират. На Магелан му става ясно, че той се намира в тази част на Стария свят, където е разпространен малайският език, т.е. недалеч от „Островите на подправките”, където 10 години по-рано той пребивава с експедицията на Антониу Абреу.